Dos métodos de control para que el jugador experimente: el modo original de Nintendo 64 y el modo basado en sensor giroscópico de Nintendo 3DS
Los compañeros de confianza de Fox McCloud, Peppy, Slippy y Falco, se unirán al viaje.
Cada misión lleva a los jugadores a través de un planeta diferente del sistema Lylat mientras destruyen enemigos, recolectan potenciadores y luchan contra poderosos jefes en su camino hacia la batalla final.
Una nueva opción multijugador permite que hasta cuatro jugadores participen en feroces combates aéreos a través de una conexión inalámbrica local y un solo cartucho de juego.