Bomberman 64 fue un título innovador para la franquicia, trasladando la acción clásica de colocar bombas a un entorno de aventura y plataformas en 3D con un modo historia para un jugador, aunque su modo multijugador fue menos aclamado que en entregas anteriores. 

El juego mantiene la mecánica central de usar bombas, pero la transición a las 3D introduce nuevas habilidades como la capacidad de levantar y lanzar bombas, y un sistema de detonación manual que añade una capa estratégica. Los niveles son extensos e invitan a la exploración para descubrir secretos y coleccionables. El control, aunque puede parecer un poco rígido al principio debido al cambio de perspectiva, se vuelve más intuitivo con la práctica. Los combates contra jefes son desafiantes, exigiendo patrones de ataque específicos y reflejos rápidos. 

La trama sigue a Bomberman mientras defiende el Planeta Bomber del asalto de una fortaleza flotante controlada por el misterioso Trío Enmascarado. Un nuevo y enigmático aliado, Sirius, se une a él en su aventura. A medida que avanza la historia y se recolectan las tarjetas doradas ocultas en cada nivel, se desvelan las verdaderas intenciones de los personajes, culminando en una confrontación final en el Rainbow Palace.