El juego tiene lugar un año después de los eventos de «Batman: Arkham City». Gotham City se encuentra amenazada por el Espantapájaros, quien ha unido fuerzas con otros villanos icónicos de Batman para llevar a cabo un plan maestro. Batman se enfrenta a una ciudad asolada por el caos y debe utilizar todas sus habilidades, gadgets y el famoso Batmóvil para proteger a los ciudadanos y derrotar a sus enemigos.